В АРГО 6 такой автоматической возможности нет. В АРГО 7 все ранее созданные технические и межевые планы при открытии автоматически конвертируются в 03 и 05 схемы соответственно. Подробнее про АРГО 7 и его установку вы можете прочитать здесь.
p.s. Рекомендуем в случае установки АРГО 7 регулярно устанавливать HotFix’ы обновления для неё, т.к. функционал постоянно дополняется и исправляется.

Мы тестируем данное поведение. В 95% случаев без каких-либо проблем проходит просто удаление программы, и т.к. данные хранятся в отдельно установленной базе данных (Microsoft SQL Server), то проблем не возникает.
Но:
1. Завтра, вероятно, будет выпущено официальное обновление на АРГО 6, в котором мы повысили, в том числе, совместимость при параллельной работе в АРГО 7 и в АРГО 6 и поведение при описываемом вами сценарии. Будем настоятельно всем рекомендовать установить это обновление АРГО 6 при переходе на АРГО 7.
2. При выходе официального релиза мы подготовим инструкцию по удалению АРГО 6 после полного перехода на АРГО 7, в которой рассмотрим возможный ситуации и как их решить.

Ошибка исправлена в этом HotFix.